A MEKDSZ egy olyan missziós szervezet, amely az egyetemeken és főiskolákon összegyűjti és közösségébe fogadja a különféle felekezetű keresztény diákokat, hogy Isten-imádatra hívja, egységbe kovácsolja, gondolkodásukban képezze és misszióra buzdítsa őket.

A MEKDSZ ezt a missziót úgy szeretné végezni, ahogyan bizonyságot tett Krisztus is Isten országáról a földön. Mielőtt Jézus bármit mondott volna, emberré lett közöttünk. Hasonlóképpen mielőtt a MEKDSZ bármit üzenne az egyetemistáknak, előbb meg kell értenie a mai diákokat, meg kell ismernie őket, a problémáikat, a kérdéseiket, és azt, ahogyan az egyetemen az életüket élik.

A MEKDSZ célja, az Evangélium eljuttatása a felsőoktatásban tanulókhoz, ami felekezetközi, öntevékeny diákkörökben, kreatívan és hitelesen, a kor kérdéseire, kihívásaira választ kereső módon kíván megvalósítani. Mindezzel ahhoz is szeretne hozzájárulni, hogy a keresztény diákok életük minden területén felelős hívő emberekké váljanak.